Kursangebote des SS2005 der HU/FU in Informatik und Chemie

BLOCK
11.04. 09:00 FU Molek Cell Bio (sonst Di 19:00)
11.04. 09:00 FU Protein Engineering
11.04. 09-10 FU BioPhys Methoden
11.04. 14:00 FU VasoAktive Hormone / Funkt. Proteom
12.04. 17-19 HU ResMgmt im Grid
13.04. 18-20 CT Bioinformatik, SystemBio (1)
15.04. 13-15 HU SyntaxAy in Genomdaten
15.04. 13-15 HU Spieltheorie Inet
20.04. 18-20 CT Bioinformatik, SystemBio (2)

Maschinelle Sprachverarbeitung (HK) @ Prak

Thema der Veranstaltung sind Grundlagen und Verfahren der maschinellen
Verarbeitung gesprochener und geschriebener Sprache. Wir behandeln Grundlagen
der Spracherkennung (Hidden-Markov-Modelle) und die Entwicklung von
Sprachportalen mit Voice-XML. N-Gram-Modelle sind ein fundamentales
Textanalyse-Werkzeug und liefern beispielsweise die Grundlage für
Rechtschreibkorrekturprogramme. Probabilistische Parser und stochastische,
kontextfreie Grammatiken eignen sich zur robusten syntaktischen Analyse von
Texten; Informationsextraktionsverfahren identifizieren bestimmte Informationen
in Texten. Einen weiteren Schwerpunkt bilden Information-Retrieval-Verfahren
(auf denen Suchmaschinen basieren) sowie Clusteranalyse- und
Textklassifikationsverfahren, die große Textsammlungen inhaltlich analysieren. 

VL  	Di  	13-15  	wöch.  	RUD 26, 0'313  	T. Scheffer
VL 	Do 	13-15 	wöch. 	RUD 26, 0'313 	
UE 	Di 	15-17 	wöch. 	RUD 26, 0'313 	T. Scheffer


Methoden und Modelle des Systementwurfs (HK) @ Prak

Software wird zuverlässiger, änderbarer und preiswerter, wenn vor der Codierung
ein Modell erstellt wird, das die Wirkung der Software auf ihre (technische
oder organisatorische) Umgebung beschreibt. Die Vorlesung behandelt Methoden,
um solche Modelle zu entwerfen und zu analysieren, unterstützt von
Softwarewerkzeugen. Alle vorgestellten Methoden (ASM, CCS, CSP, LARCH, MSC,
Petrinetze, Pi-Kalkül, Prozessalgebren, SDL, Statecharts, TLA, VDM, Z und
Analysetechniken (Invarianten, Model Checking, Refinement Calculus ) werden in
der industriellen Praxis verwendet.
 Vorlesung beginnt am 14. April. 

VL 	Di 	11-13 	wöch. 	RUD 26, 1'306 	W. Reisig
VL 	Do 	17-19 	wöch. 	RUD 26, 1'306 	
UE 	Di 	13-15 	wöch. 	RUD 26, 1'306 	W. Reisig


Algorithmen im Drug Design (HK) @ Theo

Die Vorlesung beschäftigt sich mit algorithmischen Fragestellungen in der
Bioinformatik, insbesondere solchen, die für das Drug-Design von Relevanz
sind. Behandelte Themen werden u.a. sein: Clusteralgorithmen, Erzeugung
zufälliger DNA, 3D-Struktur von Molekülen, Zufallsmodelle für biologische
Netzwerke. 

VL 	Mo 	13-15 	wöch. 	RUD 26, 1'307 	S. Hougardy
VL 	Mi 	13-15 	wöch. 	RUD 26, 1'307


Grundlagen der Signalverarbeitung (HK) @ Techn @ Theo
VL  	Di  	09-11  	wöch.  	RUD 26, 1'305  	B. Meffert


Prozessinformatik (HK - auch Praktische Informatik) @ Techn
VL  	Mo  	11-13  	wöch.  	RUD 26, 1'306  	M. Ritzschke


Data Warehouses @ Spez
VL  	Mo  	15-17  	wöch.  	RUD 26, 1'303  	U. Leser


XML und Datenbanken @ Spez
VL  	Mi  	15-17  	wöch.  	RUD 26, 1'303  	F. Naumann


Ressourcen-Management im Cluster und Grid @ Prak
 Vorbesprechung in der 1. Vorlesungswoche (12.04., 17-19, RUD 26, 1'307)
SE  	BLOCK  	 	 	 	A. Reinefeld, T. Röblitz


Syntaxanalyse von Genomdaten @ Prakt

Vor dem Hintergrund der fortschreitenden Genom-Großprojekte verschiebt sich der
Schwerpunkt der rechnergestützten Sequenzanalysen zunehmend hin zu komplexeren
Fragestellungen. Es genügt längst nicht mehr, lokale Übereinstimmungen zwischen
einer Anfrage und einem Text oder Entsprechungen in einem Sequenzrepositorium
zu finden. Ganze Klassen von Aufgabenstellungen lassen sich nicht auf das
herkömmliche Schema von Anfrage vs. Suchtext reduzieren. Deswegen hat die
Familie der Such- und Vergleichsalgorithmen Erweiterungen erfahren. Im Seminar
sollen Neuerungen der letzten Jahre wie SSAHA, VMATCH, megaBLAST, (M)LAGAN
behandelt werden. An ausgewählten neueren Befunden der Genomforschung soll
herausgearbeitet werden, welche algorithmische Vorgehensweise prädestiniert ist
für spezialisierte Fragestellungen der Lebenswissenschaften.
Die Auftaktveranstaltung findet am 15. 04. 2005, 13:00 Uhr in RUD 25,3.101
statt. Das Seminar wird in Form eines ganztägigen Blockseminars am 24.06. 2005
in RUD 25, 3.101 abgehalten. Jeder Teilnehmer wird einen ca. 30 minütigen
Vortrag halten und eine 5-10-seitige Ausarbeitung zum bearbeiteten Thema
erstellen (Abgabetermin: 08.07. 2005).

SE 	BLOCK 				S. Heymann


Algorithmische Spieltheorie und Grundlagen der Internetökonomie @ Theo

Das Seminar wird als Blockveranstaltung voraussichtlich an zwei Tagen in der
ersten Woche der Semesterferien abgehalten. Eine Vorbesprechung findet am
Freitag, dem 15. April 2005 um 13.00 Uhr in Raum RUD 25, 4.410 statt.
SE 	BLOCK 				M. Grohe


CERO CE Robots Community	

CERO steht für CE RObots Community und ist der Name eines
Forschungsprojektes des Lehrstuhls "Rechnerorganisation und Kommunikation". Es
geht darum, preisgünstige Robotik-Hardware (LEGO Mindstorm) und eingebettete
Computerboards auf Basis von Windows CE so miteinander zu kombinieren, dass
flexible Roboter zu Studien- und Forschungszwecken gebaut werden können.
Inhalt des Seminars ist die Erarbeitung von theoretischen und praktischen
Hintergründen für dieses Projekt, wobei die Schwerpunkte auf Protokollen,
Kommunikation, Standortbestimmung, Kooperation und technischen Problemen der
Umsetzung liegen.

SE 	Fr 	11-13 	wöch. 	RUD 26, 1'303 	M. Malek, P. Ibach, J. Richling





http://www.chemie.hu-berlin.de/Main/studium/OC_table/OC4.html
Biological Chemistry

http://www.chemie.hu-berlin.de/Main/studium/OC_table/OC5.html
Supramolecular Chemistry - Natural Product Synthesis  - Reactive Intermediates


Informatik für Chemiker (Inf; 3.FS D)
VL	Mittwoch	15-16	wöch.	005 	V. Bonacic-Koutecky
PR	Mittwoch 	16-17	wöch.	005 	C. Bürgel


31410	Supramolekulare Chemie: 
        Naturstoffsynthese; reaktive Intermediate (OC 5; 7.FS D)
VL	Montag		09-11	wöch.	102 	W. Abraham O. SeitzP. Wessig
	Dienstag	09-11	wöch.	102 	W. Abraham O. Seitz P. Wessig


31413	Computerunterstützte Theoretische Chemie(TC 2; WP 7.FS D)
VL	Donnerstag	11-13	wöch.	102 	V. Bonacic-Koutecky


31502	Kolloquium Chemie
CO	Mittwoch 	17-19	wöch.	006 	 Prof. der PC





31 137 Molekulare Mechanismen der Proteinfaltung bei Mikroorganismen
VL	Mo	12-14 wöch.	Ch 177, 155	S. Hunke


31 135 Einführung in die funktionelle Genomforschung
VL/OS	Mi+Do	 8-10 wöch.	Ch 177, 523	R. Borriss


31 208 Evolutionsgenetik (DB, L)
VL	Do	 8-10 wöch.	Ch 177, 552	J. Fickel


31 144 	Tumorsuppressorgene, Onkogene, Signaltransduktion
OS	Mo	10-12 wöch.	PH13-H18,2	W. Uckert	


31 157 Biochemie des mikrobiellen Sekundärstoffwechsel
OS	Mo	12-14 wöch.	I-W, Brr	E. Dittmann


31 142 Aisgewählte Aspekte der Zellbiologie und der Gentherapie
OS	Mo	16-18 wöch.	PH 13-H18,2	W. Uckert


31 130 RNA-Struktur, -Reifung und -Transport
OS	Mo	18-20 wöch.	Ch 177, 522	C. Alexander


xx xxx Genexpressionssysteme in der Moldekularbiologie, 
	Biotechnologie und Gentherapie
OS	Do	18-20 wöch.	Ch 117, 522	M. Gossen


31 193 Oberseminar Bioinformatik (DB, DBPh) und Systembiologie
OS	Block - VB 13.4/20.4 18-20 I-W,Brr	A. Schmiit, Shuchhart, Wiskott


31 152 Molekularbiologisch-biochemisches Kolloqium
CO	Di	16-18	(s. Aush.) Ch 117, 551	...





BC 3: Biochemie für andere Studiengänge
21 696a
- E - 	Einführung in das Grundpraktikum der Biochemie 
	(für E und P (21 696a, b) insgesamt 6 SWS (6 cr)) ; 
Mo 8.30-10.00 - Institut für Chemie - Biochemie, Thielallee 63, Hs
(Vorbesprechung: 11.04., 8.00) 	(11.4.) 	Volker A. Erdmann,
				Ferdinand Hucho, Petra Knaus,Gerd Multhaup
Inhalt: 
Es werden die Grundkenntnisse zum chemischen Aufbau und Funktion biologischer
Makromoleküle (Proteine, Nukleinsäuren, Kohlenhydrate und Lipide)
vermittelt. Organisationsstrukturen und Funktionen der Enzyme, der Aufbau und
die Funktionen biologischer Membranen und Membranprozesse sowie die Weitergabe
der genetischen Information, Proteinbiosynthese und Regulation der
Genexpression werden exemplarisch vorgestellt.Beginnend mit einem Überblick
über grundlegenden Konzepte werden die wesentlichen Wege des
Energiestoffwechsels (Glycolyse, Citratzyklus, oxidative Phosphorylierung,
Photosynthese, Glycogenstoffwechsel, Gluconeogenese, etc.), die Grundreaktionen
des Aminosäurestoffwechsels und Hauptwege des Lipidstoffwechsel (Lipolyse,
Lipogenese, Fettsäure-Oxidation und -Synthese, etc.) besprochen. Die Vorlesung
wird von einem Praktikum begleitet (21 696b P). Der Leistungsnachweis erfolgt
durch eine Klausur, die auf dem Inhalt der Vorlesung und des Praktikums
basiert. 
(Grundpraktikum Mo 10-16 im Hause)


21 612a
- V - 	Von der Suche nach vasoaktiven Hormonen zum Blutdruck senkenden
	Therapeutikum (Vorlesung für Naturwissenschaftler und Mediziner) 
	(2 SWS) (3 cr); 
Vorlesung wöchentlich - Institut für Toxikologie, Garystr. 5, Seminarraum
(Vorb.: 11.04., 14.00) 	(11.4.) 	Hartmut Schlüter,
					Joachim Jankowski
 1. Inhalt (contents):
Patho-/ Biochemie des Blutdrucksystems, Isolierung, Nachweis und Identifizierung von biologisch aktiven Molekülen
Pharmakologie von vasoaktiven Hormonen
Proteomics: Neue Ansätze zur Suche nach Krankheitsursachen 
3. Weitere Bemerkungen (further contents)
Voraussetzung für das F-Praktikum "Funktionelle Proteomanalyse" 
4. Beginn (beginning)
Vorbesprechung: 11.04., 14.00 Uhr 


21 612c
- P - 	Funktionelle Proteomanalyse (für Naturwissenschaftler und Mediziner; 
	 (Voraussetzung: Besuch der Vorlesung 21612a) (5 SWS) (5 cr); 
Vergabe 11.04., 9.00 - Biochemie, Thielallee 63, Hs
Institut für Toxikologie, Garystr. 5, Seminarraum
(Vorb.: 11.04., 14.00, Garystr. 5) 	(11.4.) 	Hartmut Schlüter,
							Joachim Jankowski
Praktikum / Seminar : insgesamt 5 SWS (5 cr).
1. Inhalt (contents) :
Grundlagen der Proteomanalyse,
Nachweis, Reinigung und Identifizierung von Enzymen,
Nachweis biologisch aktiver Peptide, Peptidanalytik,
Massenspektrometrie von Biomolekülen


21 613
- P - 	Protein Engineering (2,5 SWS) (2,5 cr); 
1 Wo ganztägig 14-tägl. - FMP, Robert-Rössle-Str. 10, Berlin-Buch, Raum C308
(Vorbesprechung/Vergabe: 11.04., 9.00 - Biochemie, Thielallee 63, Hs) 	
(11.4.) 	Christian Freund
Theorie: Protein-Strukturen, Rationales Design, Protein-Bibliotheken, 
Phage Display, evolutive Verfahren
Praktisch: Protein-Expression, NMR- basiertes Epitop-Mapping, Phage Display



21 624a
- V - 	Molecular Cell Biology (1 SWS) (1,5 cr) (in Englisch); 
Di 19.00-19.45 - Charité-Campus Virchow-Klinikum, Forschungshaus, SR 1.0020
(Vorbesprechung: 11.04., 9.00 - Biochemie, Thielallee 63, Hs) 	
(12.4.) 	Reinhard Geßner, Jens Peter v. Kries u. a.
1. Contents:
This weekly lecture gives a brief survey of all major fields of molecular cell
biology as well as an in depth view on cell adhesion, signal transduction and
cellular oncogenesis. It also features several modern techniques commonly used
in cell biology.
- S - 
Di 19.45-20.30 - Charité-Campus Virchow-Klinikum, Forschungshaus, SR 1.0020
Vorbesprechung: 11.04., 9.00 - Biochemie, Thielallee 63, Hs


21 635
- S - 	Medizinische Bioinformatik I: Vom Peptid zur Leitstruktur ; für
Biochemiker 2 SWS (2 cr), für Bioinformatiker 4 cr; 
Mo 17.00-18.45 - Institut für Molekularbiologie und Bioinformatik, 
                 Arnimallee 22, Hs B


21 642a
- V - 	Regulation der Genexpression durch Onkogene und Viren und 
	Intervention durch Gentherapie (Vorlesung / Seminar: insgesamt 1 SWS) 
 Vorlesungstermine: ein Freitag pro Monat, jeweils 15.15-18.30 -
	Biochemie, Thielallee 63, Hs 	(s. A.) 	Karin Mölling
1. Inhalt:
Signaltransduktion in normalen und Tumorzellen, Protein Kinase Kaskaden,
Transkriptionsregulation, Proteindomänen, Modulation durch Phosphorylierung,
Protein-Protein-Interaktion ///
Onkogene von Viren und zelluläre Onkogene, Tumorsuppressorgene,
Multifaktorielle Krebsentstehung ///
Viren, molekulare Mechanismen der Replikation, Pathogenese, Schwerpunkt HIV,
Gentherapie (Ribozyme, Antisense, siRNA, Triplex, Immunmodulatoren, Suizidgene,
Viren als Vektoren) 
3. Weitere Bemerkungen:
Möglichkeiten zur Labormitarbeit sind in Zürich (Institut für Medizinische
Virologie) gegeben (s. 21 642c), (2 Monate nach Absprache) 
- S - 


http://e-gene.de/Gentherapie/


21 665a
- V/Ü - 	Vorlesung/Übung zum Praktikum Biophysikalische Methoden 
	(für Biochemiker und Chemiker im Hauptstudium)
	(V/Ü und P insgesamt) (7,5 SWS) (7,5 cr); 
29.8.-16.9., 9.00-10.00 - Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie,
	Robert-Rössle-Str. 10,13122 Berlin, Gebäude 81, EG, Seminarraum

- P -
29.8.-16.9., 10.00-17.00 
Vergabe: 11.04., 9.00 - Biochemie, Thielallee 63, Hs


21 680
- C - 	Biochemisches und Molekularbiologisches Colloquium 
	nach besonderer Ankündigung. 
Fr 11.15-13.00 - Biochemie, Thielallee 63, Hs


21 688
- V - 	Genexpression und Signaltransduktion (2 SWS) (3 cr); 
Do 18.15-20.00 - Biochemie, Thielallee 63, Hs 	
(14.4.) 	Carmen Birchmeier, Claus Scheidereit
Inhalt:
Es werden Grundlagen der Molekularbiologie sowie experimentelle Methoden auf
den Gebieten der Gentranskription und Signaltransduktion in Eukaryonten
behandelt. Einzelne Themen: Ebenen der Genexpressions-Kontrolle; Genstruktur;
Polymerasen; Promoter- und Enhancerfunktion; Chromatinstruktur und
-azetylierung ; generelle Transkriptionsregulatoren; induzierbare und
gewebespezifische Transkriptionsfaktoren (TFs) (inkl. Steroidrezeptoren, NF-kB,
AP-1, NF-AT etc.); DNA Bindungsdomänen; Regulation der TFs durch
Serin/Threonin-Phosphorylierung, Proteolyse, Inhibitoren und Koaktivatoren;
Funktion von TFs bei Apoptose (programmierter Zelltod), Proliferation und
Onkogenese; Signalwege von der Zellmembran zu TFs; Rezeptortyrosinkinasen und
Liganden, Tyrosinkinasen und deren Substrate; Wnt, TGFß und Hedgehog
Signaltransduktion. Signaltrantsduktionskomponenten in der Krebsentstehung und
bei der Embryonalentwicklung; retrovirale Onkogene und Transformation.
Der erste Teil (Transkription) wird gehalten durch C. Scheidereit, der zweite
Teil (Signaltransduktion) durch C. Birchmeier.


(CUB 1729)
- S - 	Seminare zur Gentherapie 
(Voraussetzungen: Mediziner: Physikum; Biochemiker, Biologen: Vordiplom; 
Pharmazeuten: 1. Staatsexamen) ; 
jeweils Mi 19.00 am 2.3., 6.4., 4.5., 1.6. und 6.7. - 
MPI für Infektionsbiologie, 
Campus Charité Mitte, Schumannstr. 21/22, Seminarraum